XVII в. тоже ознаменовался различными нашествиями на территорию Казахстана, т.к. среднеазиатские правители не хотели мириться с потерей Туркестана, Ташкента, Ферганы. Уже при хане Есиме (1598-1628, 45 гг.) была возвращена только Фергана, а Ташкент и Туркестан на 200 лет оставались в составе Казахского ханства. Эти приобретения способствовали экономическому подъему, стабилизации государственных границ. Однако внутриполитическая борьба оставалась острой: Есим-хан утвердился в Туркестане, а Турсун объявил себя ханом в Ташкенте.
В Казахском обществе намечалась тенденция к обособлению самостоятельных ханов.
Во внешней политике особенно опасными были южные и восточные соседи. Бухарский хан, совершив поход на Туркестан в 1612 г., разграбил города Туркестана (использовал вражду Есима и Турсуна). В противоборстве Есима и Турсуна Есим одержал верх. (Турсун погиб в 1627 г.), но через год умер и сам Есим. С именем Есима связывают и создание уложений «Древняя дорога Есим хана». После смерти Есима, бухарский хан вновь овладел Ташкентом (временно).
При хане Джангире Салкаме (Внушительный) (1628-52гг.) в основном идет борьба с новым опасным противником - Джунгарией. Известна битва в местности Орбулак, когда Джангир с 600 воинами одолел 50 тыс. джунгар (в 1644г.).
Хан Тауке (1680-1718 гг.) - один из самых известных ханов, последний хан независимого Казахского ханства.
Сын Джангира, Тауке продолжил борьбу против джунгар. В 80-х годах джунгары захватили Чимкент, Сайрам. Тауке заключает союз с киргизами и каракалпаками против джунгар, и их натиск был сломлен.
Во внутренней политике хан Тауке предпринял энергичные меры по возрождению веса ханской власти и преодолению султанских притязаний на власть. Особенно выдающимся достижением Тауке является свод законов «Жеты Жаргы», направленных на создание централизованной государственности.
Таким образом, с середины XV по конец XVII вв. Казахское ханство прошло путь от возникновения до крупного государства в центрально-азиатском регионе. Эта история изобиловала победами и поражениями, но Казахское ханство выстояло.