На верхнем участке река протекает вначале через небольшие озёра; имеются пороги и каменистые перекаты, наиболее значительные из них расположены у гг. Миннеаполис (водопад Сент-Антони) , Давенпорт и Киокак. От г. Миннеаполис русло реки шлюзовано, до устья Миссури более 20 плотин.
На среднем участке река течёт преимущественно одним руслом; долина шириной 10—15 км ограничена крутыми склонами. Ниже впадения Миссури мутная, грязно-бурого цвета вода этой реки на протяжении 150—180 км течёт рядом с относительно прозрачным потоком Миссисипи.
На нижнем участке река протекает по обширной равнине, сложенной аллювиальными отложениями, ширина долины постепенно увеличивается вниз по течению от 25 до 70—100 км; русло реки извилистое, с многочисленными рукавами и старицами, образующими в нижнем течении лабиринт протоков, озёр-стариц, обширных пойменных болот, затопляемых во время паводков