Это как и многие выражение пришло к нам из древнегреческой мифологии. Сцилой и Харибдой называли две скалы где обитали чудовища по некоторым источникам так звали самих чудовищ. Эти чудища сторожили залив между островами Сицилия и Апеннинским полуостровом. Они ели моряков пытавшихся проплыть мимо. Это выражение используется когда ты окружен опасностями с двух сторон, это критическая ситуация когда человек оказывается между двух огней.