Гус был вызван на Констанцский собор, имевший целью объединить Римскую католическую церковь и прекратить Великий западный раскол, который к этому времени уже привёл к троепапству. Причем император Сигизмунд обещал Гусу личную безопасность. Однако, когда Гус прибыл в Констанц и получил охранную грамоту, оказалось, что Сигизмунд дал ему обычную подорожную грамоту. В присутствии папы (впоследствии признанного антипапой) Иоанна XXIII и членов Собора против Гуса выдвинули обвинение в ереси и организации изгнания немцев из Пражского университета. Ян Гус прибыл в Констанц в ноябре 1414 года, а в декабре он был арестован и заключён в одной из комнат дворца. Когда некоторые друзья Гуса обвинили Собор в нарушении закона и императорской клятвы о безопасности Гуса, папа ответил, что он лично ничего никому не обещал и не связан обещанием, которое дал император. Когда же императору Сигизмунду напомнили о данном им обещании, он отказался вмешиваться и защищать Гуса. Это принесло ему много неприятностей впоследствии, когда в 1419 г. он стал королём Чехии и был вовлечён в опустошительные Гуситские войны. Поначалу Гус отказывался говорить на допросах, и чтобы он начал говорить, ему зачитали смертный приговор, который можно было сразу же привести в исполнение, если Гус не будет защищаться. Вскоре Иоанн XXIII бежал из Констанца, так как собор потребовал его отречения. Это ещё сильнее ухудшило положение Гуса, который раньше содержался относительно почётно как пленник папы, а теперь был передан констанцскому архиепископу, который посадил его на хлеб и воду.
8 мая 1415 года моравская шляхта направила Сигизмунду петицию с требованием освободить Гуса и дать ему слово на соборе. 12 мая такой же протест выразил сейм Чехии и Моравии, а позже чешское и польское дворянство, находившееся в Констанце. Чтобы удовлетворить их, Сигизмунд организовал слушание дела Гуса на соборе, которое проходило с 5 по 8 июня. После вынесения смертного приговора Гусу, Сигизмунд и архиепископы много раз приходили к Гусу с просьбой, чтобы он отрёкся от своих убеждений, но он этого не делал:
Противоречит моей совести отрекаться от фраз, которых никогда не произносил.
В конце суда Ян Гус снова апеллировал к Христу.
1 июля Ян Гус направил собору послание, в котором окончательно отказался отречься от своих убеждений. 6 июля 1415 г. Ян Гус, отказавшийся отречься от своих «заблуждений», по приговору собора был сожжён на костре. С его казнью связан ряд легенд. Так, старушке, из благочестивых побуждений подложившей вязанку хвороста в его костёр, он якобы воскликнул: «О, святая простота!» (O sancta simplicitas!). А также предсказал появление через сто лет великого реформатора, чьи начинания не будут уничтожены (Мартина Лютера), сказав: «Я-то — Гусь, а за мной придёт Лебедь!»[источник не указан 934 дня]. Через некоторое время на костре был сожжён также Иероним Пражский, один из его сподвижнико