Главной из причин усиления тенденции распада Могулистана были процесс сплочения казахских племен Семиречья в Старший жуз (а вместе с племенами всего Казахстана — в казахскую народность) и нараставший процесс формирования племен Тянь-Шаня в киргизскую народность, а также все более возраставшая в связи с этим борьба местного населения за независимость, за государственное обособление.