Однако Кромвель строил планы, не принимая в расчет короля, который воспользовался разногласиями противников и бежал из плена на остров Уайт, откуда призвал роялистов в Англии и Шотландии к новой гражданской войне, разгоревшейся в начале 1648 года. Английский парламент меж тем возобновляет переговоры с королем, который кажется многим куда менее опасным, чем вознесенный своими победами Кромвель. Великого генерала даже пытаются обвинить в государственной измене. Армия и народ со своей стороны требуют суда над Карлом Стюартом и продолжения революции. Позиции парламента и армии к тому времени сблизились.
Генри Айртон - зять Оливера КромвеляПока Ферфакс расправлялся с роялистами на юго-востоке Англии, Кромвель подавил восстание в Уэльсе, а затем двинулся на север, чтобы сразиться с шотландцами. Он одержал серию побед над превосходящими силами шотландцев и роялистов в Ланкашире в августе 1648 года(в частности, в битве при Престоне), что явилось его первым крупным самостоятельным успехом в качестве полководца. Нарушение королем и роялистами своих клятв вновь оживило крайние настроения в армии. Пока пресвитериане в парламенте все еще надеялись достичь соглашения с Карлом I, зять Кромвеля Генри Айртон (1611-1651) возглавил движение, целями которого были наказание короля и свержение монархии. 6 декабря 1648 южная армия произвела "чистку" палаты общин от пресвитериан (т.н. Прайдова чистка) и потребовала суда над королем.
Осень этого года Кромвель посвятил преследованию отступающего врага, пока не вступил в Эдинбург. Без видимых поводов он задержался на севере, но Ферфакс наконец отозвал его в Лондон. Дело объяснялось сомнениями: Кромвель не знал, какую позицию ему следует занять по политическим вопросам. По возвращении он одобрил "чистку" и обеспечил доставку Карла I под стражей на суд. 20-27 января 1649 года происходят заседания Верховного суда справедливости, созданного парламентскими индепендентами и высшими офицерами. Карла обвиняют в попытке установления тирании, в уничтожении прав и вольностей народа, в кровопролитии и государственной измене. Поскольку Ферфакс отстранился от каких бы то ни было политических решений, Кромвель был вынужден взять всю полноту ответственности на себя. Он понимал, что суд над королем завершится вынесением смертного приговора. Но, однажды приняв решение, Кромвель действовал беспощадно, и в значительной степени именно его усилиями судебный процесс был доведен до конца: короля приговорили к смертной казни. 30 января на глазах у безмолвной толпы, собравшейся перед дворцом Уайтхолл, ему отрубают голову. В Англии устанавливается республика. При новом режиме у власти встали верхушка офицерства и новые дворяне, не заинтересованные в продолжении демократических реформ. Их своекорыстие было подвергнуто резкой критике Лилберна и других левеллеров. В своих памфлетах они писали об ухудшении положения народа в результате войны и экономического кризиса.