Стебель у кукушкина льна буровато зеленый, прямостоячий, обычно неветвистый, высотой 15–20 см. На нижней части стебля имеются ризоиды. Ими кукушкин лен закрепляется в почве и всасывает из нее воду и растворы минеральных веществ. Листья у кукушкина льна линейно- шиловидные, в них находится хлорофилл.
Кукушкин лен обыкновенный встречается обычно в заболачивающихся лесах и по окраинам болот.