Проте, Яким Сомко був невдоволений також московською політикою в Україні, він прагнув зберегти під своєю булавою цілісність і самостійність Гетьманщини. Це викликало недовір'я й ворожість Москви до Сомка, й опозицію до нього з боку частини лівобережної старшини на чолі ізВасилем Золотаренком, а також із бокуЗапоріжжя (на чолі з кошовим «гетьманом» Іваном Брюховецьким), як проти представника інтересів заможноїстаршини. Противники Сомка звинувачували його в таємних зносинах ізЮрієм Хмельницьким, згодом із гетьманом Правобережної УкраїниПавлом Тетерею, а також із Річчю Посполитою та Кримським ханством.
З цього скористалася Москва, яка не затвердила ухвали Козелецькоїстаршинської ради 1662 року про обрання Якима Сомка на гетьмана України й наЧорній раді в Ніжині (червень 1663) підтримала кандидатуру Івана