По природным особенностям — рельефу, климату, почвам в Башкортостане выделяются 4 природные зоны. Каждая из них имеет свои особенности флоры.
Лесная зона Занимает северную часть равнинного Предуралья. Хвойно-широколиственные леса к югу сменяются широколиственными лесами.
В зоне хвойных лесов распространены брусника (Vaccinium vitis-idaea), черника (Vaccinium myrtillus), голубика (Vaccinium uliginosum), линнея (Linnaea borealis), а также боровые мхи — плевроциум Шребера(Pleurozium schreberi), гилокомий блестящий (Hylocomium splendens), ритидиадельф (Rhytidiadelphus), климаций древовидный (Climacium dendroides) и др.
Лесостепная зона — часть Предуралья. Растительность представлена небольшими участками широколиственных лесов, лугов и степей.
В зоне широколиственных лесов РБ северной части Предуралья распространены неморальные виды растений: дуб (Quercus), липа (Tilia), клён (Acer) и травы — сныть обыкновенная (Aegopodium podagraria), копытень европейский (Asarum europaeum), купена многоцветковая (Polygonatum multiflorum), ландыш майский (Convallaria majalis), воронец колосистый (Actaea spicata), фиалка удивительная(Viola mirabilis) , подмаренник душистый (Galium odoratum) и др.
В степях и на лугах встречаются высокие рыхлокустовые и корневищные злаки: овсяница луговая (Festuca pratensis), ежа сборная (Dactylis glomerata), тимофеевка луговая (Phleum pratense), лисохвост луговой (Alopecurus pratensis), кострец безостый (Bromopsis inermis), полевица гигантская (Agrostis gigantea). В луговых травостоях встречаются низкие злаки с плотным кустом и короткими корневищами: овсяница красная (Festuca rubra), мятлик луговой (Poa pratensis), мятлик узколистный (P. angustifolia).
Степная зона — часть Зауралья и южная часть Предуралья. Степи раскинулись по склонам гор и увалам. В южной части на солонцовых и солончаковатых почвах распространены галофильные сообщества. В зоне встречаются виды с разрывом ареала — пыльцеголовник длиннолистный (Cephalanthera longifolia), лазурник трехлопастной (Laser trilobum), герань Роберта (Geranium robertianum), наперстянка крупноцветковая (Digitalis grandiflora) и др.
В степи распространены ковыли (Stipa), типчак (Festuca pseudovina), бобовые — клевер горный (Trifolium montanum), люцерна румынская (Medicago romanica), эспарцет сибирский (Onobrychis sibirica), разнотравье — таволга обыкновенная (Filipendula vulgaris). Часть степных видов флоры Башкортостана связана со щебнистыми почвами, это виды-петрофиты: оносма простейшая (Onosma simplicissima), горноколосник колючий (Orostachys spinosa), Тимьян губерлинский (Thymus guberlinensis) и др.
Горно-лесная зона — зона с разнообразной растительностью, сформированная под влиянием вертикальной поясности. Леса широколиственные, на востоке — сосново-березовые леса. В горах хвойно-широколиственными леса, затем тайга, ещё выше которой — подгольцовый пояс с высокотравными лугами, ещё выше — гольцовый пояс с тундровидными сообществами. В горно-лесной зоне РБ встречаются виды растений с вариантами дизъюнктивных ареалов: аркто-гольцовые — дриада восьмилепестная (Dryas octopetala), горец живородящий (Polygonum viviparum), арктоус альпийский (Arctous alpina), Ллойдия поздняя (Lloydia serotina). Распространены также виды с основными ареалами — лук плевокорневищный (Allium hymenorhizum), горицвет сибирский (Adonis sibirica), пажитник плоскоплодный (Melilotoides platycarpos), патриния сибирская (Patrinia sibirica) и др.
На вершинах гор РБ высотой более 1000 м над уровнем моря (Иремель,Ямантау, Б. Шелом, Б. Шатак и др.) распространены арктические виды растений: дриада восьмилепестная (Dryas octopetala), ива шерстистая (Salix lanata), мытник Эдера (Pedicularis oederi), арктоус альпийский (Arctous alpina).
Разнообразие флоры вносят необрабатываемые поймы рек Белой, Уфы, Демы и др. Здесь распространены пойменные леса из тополя и ивы. В многочисленных озёрах и реках распространены сообщества гидрофитов (водная растительность) и гигрофитов (прибрежно-водная растительность). В РБ распространены виды прибрежно-водной растительности (класс Phragmito- Magnocaricetea) — частуха подорожниковая (Alisma plantago-aquatica), сусак зонтичный (Butomus umbellatus), осока острая (Carex acuta), мята полевая (Mentha arvensis), тростник (Phragmites australis); виды сообществ макрофитов-гидрофитов (класс Potametea): элодея канадская (Elodea canadensis), уруть колосистая (Myriophyllum spicatum), кувшинка белая (Nymphaea alba), рдест гребенчатый (Potamogeton pectinatus) и др.; и класс Lemnetea: ряска малая (Lemna minor), р. Тройчатая (L. trisulca).
Под влиянием человека в РБ многие виды флоры сужают ареал, в то же время синантропные виды растений ареал расширяют. Так, в РБ широко распространены северо-американские виды растений — щирица (Amaranthus retroflexus), коломия линейная (Collomia linearis), амброзия (Ambrosia artemisiifolia), циклахена (Cyclachaena xanthiifolia) и др.