У окуня, как у всех костных рыб и огромного большинства рыб вообще, имеются четыре пары целых жабр, которые располагаются на четырех передних жаберных дужках. Кроме того, на внутренней стороне жаберной крышки находится зачаточная полужабра, носящая название подъязычной, или ложножабры. В отличие от акул межжаберные перегородки у костных рыб редуцированы, так что жаберные лепестки прикрепляются только к жаберным дужкам, и лепестки двух полу-жабр одной жабры срастаются своими основаниями, концы же их свободно свешиваются в жаберную полость, ограниченную снаружи жаберной крышкой