Фёдор Алексеевич скончался 27 апреля 1682 года в возрасте 20 лет, не сделав распоряжения относительно престолонаследия. Похоронен в Архангельском соборе Московского Кремля. Вопрос о престолонаследии вызвал волнения, разрешившиеся решением о венчании на царство одновременно двух царей — малолетних Ивана V и Петра I при регентстве их старшей сестры Софьи Алексеевны.