Я думаю, что ответить можно следующим образом.
Yes. somebody does. John lives there. - в случае, если обязательно нужно сделать два предложения.
Я бы ответила в речи - Yes, sure, John lives here.
it - не подойдёт, потому, что в вопросе у тебя уже указанно anybody (то есть, ясно, что речь идет о человеке).
anybody - в данном случае я бы не поставила (только если ты хочешь сказать, что уж кто-то то в этом доме живёт, например, если ты по ночам видишь свет в нём, а он считается заброшенным).
he - подошло бы для старого английского, когда не было феминизации языка (сейчас, например, пишут, he or she war hero или shero - если говорить о женщине-герое).