Центре романа — фигура Иоанна Грозного. Он не главный герой, но подобен некой грозной, непредсказуемой, неумолимой силе. Он помазанник Божий, все в его власти, и потому простой человек не может судить и оценивать его действия. Вокруг этого центра движутся остальные герои: опричники — сила не менее стихийная и полностью подчиненная воле царя; бояре — они внутренне противостоят опричнине, но не могут ничего изменить; и два классических героя — протагонист и антагонист. Князь Серебряный и... нет, не Малюта Скуратов, не князь Афанасий Вяземский и тем более не Хомяк. Как ни странно, — Борис Годунов... Роман, замысел которого родился еще в 40-х годах XIX века, давался непросто. Толстой изучил множество книг, документов того страшного времени и в предисловии писал о себе: «...при чтении источников книга не раз выпадала у него из рук, и он бросал перо в негодовании, не столько от мысли, что мог существовать Иоанн IV, сколько от той, что могло существовать такое общество, которое смотрело на него без негодования». Вот, наверное, первый смысл
Годунову в начале романа дана иная характеристика: «никогда не суется вперед, а всегда тут; никогда не прямит, не перечит царю, идет себе окольным путем, ни в какое кровавое дело не замешан, ни к чьей казни не причастен. Кругом его кровь так и хлещет, а он себе и чист и бел, как младенец». Но в конце романа звучит приговор: «Двадцать лет, проведенных у престола такого царя, как Иоанн Грозный, не могли пройти даром Борису Федоровичу, и в нем уже совершился тот горестный переворот, который... обратил в преступника человека, одаренного самыми высокими качествами.