Почему наука и религия имеют сложные отношения

Потому что религия праутически никогда не имеет научного обоснования и ей нет никаких доказательств. А чтобы в науке что-то подтвердить нужно выдвигать гипотезы, подтверждать или опровергать их, проводить эксперименты и т.д.