Воды Иртыша используются для питания канала Иртыш — Караганда (забор воды из Иртыша в канал в среднем 75 м³/с), для водоснабжения и орошения.
Регулярное судоходство на 3784 км от нижнего бьефа Усть-Каменогорской ГЭС до устья. Навигация с апреля по ноябрь.
В настоящее время ОАО «Иртышское пароходство»[12] осуществляет многодневные пассажирские маршруты на линиях Омск — Салехард (через Тобольск и Ханты-Мансийск). На период трёхмесячной навигации по этому маршруту ходят теплоходы «Чернышевский» и «Родина»[13]. На сегодняшний день это один из немногих сохранившихся речных пассажирских маршрутов в России.
Ниже озера Зайсан на Иртыше построен Иртышский каскад ГЭС включающий в себя Бухтарминскую, Усть-Каменогорскую и Шульбинскую ГЭС.
В 2010 году разработан проект строительства низконапорной плотины севернее Омска — Красногорский гидроузел. Проект осуществляется по целевой программе Омской области «Строительство Красногорского водоподъёмного гидроузла на реке Иртыш»