За оставшимися в Испании маврами и евреями, вынужденно принявшими крещение, велась постоянная слежка: церковь стремилась уличить их в отступлении от истинной веры, обвинить в ереси и колдовстве. Для искоренения еретиков в Испании была учреждена инквизиция. Ее возглавил свирепый и беспощадный Томас Торквемада, облеченный званием «великого инквизитора» (рис. 3). За 10 лет, пока Торквемада стоял во главе инквизиции, тысячи людей были сожжены на кострах, еще больше подверглись пыткам и содержались в тюрьмах. Казнь еретиков в Испании получила название аутодафе («дело веры»).
Сразу после взятия Гранады король и королева издали указ об изгнании всех евреев из Испанского королевства. 120 тысяч человек должны были в течение трех месяцев покинуть страну. Оставив дома и имущество, изгнанники направились в мусульманские страны, в испанские колонии в Америке или в Нидерланды.