Материалы, собранные В. В. Юнкером, охватывают все вопросы, имеющие интерес для географов. Его картографические работы отличаются высокой точностью; много внимания он уделял также вопросам гидрографии и метеорологии. В его дневниках и статьях содержится множество весьма ценных исследований по флоре и фауне, особенное внимание уделено изучению образа жизни человекообразных обезьян. Любимой областью исследований В. В. Юнкера были вопросы этнографии. Изучая водораздел Нила и Конго, он совершил целый ряд географических открытий, впервые составил карту огромной части Центральной Африки, первым наладил регулярные метеонаблюдения на двух станциях. Проведя несколько лет среди племен ньям-ньям и мангбатту, Юнкер составил словари десяти негритянских племен, собрал большую этнографическую коллекцию, ценнейшие коллекции растений и животных Африки.