Он не знал, (1)что две пушки капитана Енакиева и остатки батальона Азунтаева,(2) расстреляв все патроны, (3)в течение сорока минут отбивались ручными гранатами
1 запятая - отделяет придаточное изъяснительное от главного
2-3 запятые выделяют обособленное обстоят., выраж. деепричастным оборотом