Тіло завдовжки 0,18-0,31 мм вкрите великою кількістю (10-15 тис.) війок. Зовнішній шар цитоплазми ущільнений, завдяки чому тварина зберігає сталу форму тіла. Між війками розташовані органоїди захисту — трихоцисти. Вони розташовані у мембранних мішечках і складаються з тіла та наконечника. У відповідь на подразнення трихоцисти вистрілюють, при цьому мембранний мішечок зливається з зовнішньою мембраною, а сама трихоциста за тисячні долі секунди подовжується у 8 разів. Загалом на тілі інфузорії-туфельки налічують 3-5 тис. трихоцист.
Від переднього кінця до середини тіла туфельки проходить жолобок з трохи довшими війками. На задньому кінці жолобка є ротовий отвір, що веде в коротку трубчасту глотку. Війки жолобка безперервно рухаються, створюючи течію води. Вода підхоплює і приносить до рота основну їжу туфельки — бактерії, які через глотку потрапляють усередину тіла інфузорії.
У цитоплазмі навколо них утворюється травна вакуоля, до якої виділяється травний сік. Цитоплазма в туфельки, як і в амеби, перебуває в постійному русі. Травна вакуоля відривається від глотки й підхоплюється течією цитоплазми. Перетравлюється їжа і засвоюються поживні речовини в інфузорії так само, як і в амеби.
Рух цитоплазми у тілі інфузорії-туфельки.
Тварина має дві скоротливі вакуолі в передній та задній частинах тіла. Кожна складається з резервуара та сітки радіальних каналів, по яких вода та продукти життєдіяльності потрапляють до вакуолі. Резервуар відкривається назовні порошицею. Вакуолі скорочуються почергово кожні 20-25 с.
Інфузорія-туфелька має два різних за будовою та функціями ядра: круглий диплоїдний мікронуклеус та бобоподібний поліплоїдний макронуклеус. Мале ядро відіграє основну роль у розмноженні, а велике впливає на процеси руху, живлення, виділення.
Загалом тіло тварини містить 6,8% сухої речовини, з якої 58% складає білок, 31,4% — жир, 3,6% — зола.