Многолетняя мерзлота накладывает свой отпечаток на внутренние воды зоны. Равнинная поверхность тундры усеяна множеством небольших и неглубоких озер, имеющих термокарстовое и ледниковое (моренное) происхождение. Реки питаются почти исключительно снеговыми и дождевыми водами. При незначительном испарении (50-100 мм) и близком залегании многолетней мерзлоты, служащей водоупором, сток летом большой, и реки в это время многоводны. По данным П. С. Кузина, тундра представляет собой зону максимального годового стока, достигающего величины 125-400 мм. Зимой единственный источник питания - грунтовые воды скованы мерзлотой, и поэтому даже крупные реки в сибирских тундрах не только сильно мелеют, но и нередко промерзают до дна. В долинах рек Сибири зимой обычны наледи. В промерзающих озерных котловинах, иногда среди мелководных озер возникают гидролакколиты - многолетние бугры вспучивания с ледяными ядрами. Высота их достигает 30-40 м, поперечник основания - 200 м. Гидролакколиты образуются и результате деятельности напорных грунтовых вод и представляют собой своеобразные подземные наледи.
Тундровые почвы кислые, бедные основаниями, с ничтожными запасами питательных веществ. Расположенные над многолетней мерзлотой грунтовые воды ультрапресные, гидрокарбонатные, с содержанием минеральных солей в пределах 0,1-0,15 г/л. Геохимические особенности тундровых ландшафтов хорошо передаются формулой А. И. Перельмана составленной для Большеземельской тундр
Области распространения и питания грунтовых вод совпадают, поэтому мощность и во-дообилие их подвержены колебаниям, зависящим от изменений климатических и метеорологических условий, а их режиму и свойствам присуши зональные черты. Зональность грунтовых вод проявляется в глубине их залегания от поверхности и соответственно в их чистоте и температуре, а также химическом составе и степени их минерализации. В зонах избыточного и достаточного увлажнения - тундре и лесах (Kув?1) - грунтовые воды залегают неглубоко, они ультрапресные и пресные, гидрокарбонатно-кальциевые