В 16 в. в северной области Индии, находившиеся под властью Великих Моголов (1525–1858), переселяются группы евреев из Ирана, Афганистана, Средней Азии, привлеченные религиозной толерантностью первых представителей династии. Особой терпимостью отличался Акбар (правил в 1556–1605 гг.) , который провозгласил принцип мира между разными религиями в своих владениях, отменил подушный налог на зимми, пытался создать новую монотеистическую религию «дин-и илахи» (`божественная вера`) и даже открыл при своем дворе синагогу. Еврейские поселения возникли в Дели, Лахоре, Агре и ряде городов Кашмира. Впоследствии большинство евреев-иммигрантов растворилось в местном мусульманском населении, хотя отдельные семьи сохраняют и поныне память о своем еврейском происхождении. Одним из ярких представителей пантеистического мистицизма был принявший ислам еврей из Ирана поэт Сармад Кашани (казнен в Агре в 1661 г.) , отвергавший рамки какой-либо конкретной религии.
В 17–18 вв. евреи внесли значительный вклад в развитие сети факторий европейских Ост-Индских компаний (в Сурате, Мадрасе, Бенгалии, позднее — в Бомбее) . С 1683 г. купцы из португальской еврейской общнны в Англии принимают активное участие в расширении экспорта драгоценных камней в Англию через форт Святого Георга (современный Мадрас) . Многие мадрасские купцы-евреи разбогатели на торговле с Китаем, Бирмой, Филиппинами, товары из которых шли в Европу. Однако, несмотря на зажиточность большинства еврейского населения Мадраса, в нем не образовалась организованная еврейская община, и единственным памятником пребывания в городе евреев является старое кладбище, на котором сохранилось несколько надгробных плит с надписями на иврите или на английском и португальском языках. В 20-х гг. 19 в. возникает еврейская община в Калькутте, основанная переселенцами из Сурата и Бомбея; ее быстрому росту и значительному материальному расцвету способствовал приток евреев из Багдада, Йемена и Кочина, принявших активное участие в торговле и промышленности бенгальской провинции. (О еврейской общине Бомбея, возникшей во второй половине 18 в. и ставшей самой крупной в Индии, см. Бомбей. )
Еврейское население Индии (к концу первой половины 20 в. свыше 30 тыс. человек) состояло из трех основных этнолингвистических групп, которые различались как историческим прошлым, разговорным языком, религиозными обрядами, так и социально-экономическим уровнем. Главным образом в Бомбее и его окрестностях были сосредоточены Бней-Исраэль (в 1947 г. около 24 тыс. человек, разговорный язык — маратхи) ; в Кочине, Эрнакуламе и Паруре жили кочинские евреи (в 1948 г. примерно 2,5 тыс. человек, разговорный язык — малаялам) ; в Бомбее, Калькутте и Пуне жили так называемые багдадские евреи (в 1948 г. около шести тысяч, разговорные языки — английский и еврейско-арабский диалект Ирака) . Небольшое число ашкеназских евреев иммигрировали в Индию из стран Европы после Первой, но главным образом в годы Второй мировой войны (в 1944–45 гг. их число превышало тысячу человек) . В послевоенное время большинство их вернулись в Европу.