Необхідно підкреслити , що , незважаючи на протилежну спрямованість двох центральних процесів рослинного організму - фотосинтезу і дихання і на їх локалізацію в різних органелах клітини , між ними існує тісний взаємозв'язок. Перш за все, для протікання процесу дихання потрібні органічні речовини ( субстрати ) . Такими субстратами в першу чергу є вуглеводи , які у зелених рослин утворюються в процесі фотосинтезу. Разом з тим перетворення речовин в процесі фотосинтезу і дихання йде через ряд схожих проміжних продуктів.