Смотря какой водоём. Если это водоём со стоячей водой.. то важными факторами являются свет и стоячая вода, которая бысрее нагревается чем проточная. От этого условия существования для микроорганизмов более комфортные.
Так же сказывается определённое количество кислорада в воде. Цветение воды и есть так называемое размножение микроорганизмов.