После смерти Фёдора он был одним из претендентов на престол, но был насильно пострижен в монахи. Во время смуты его захватили в плен поляки, использовал его и Лжедмитрий. После воцарения на престол сына Филарета Михаила Романова его отпустили из плена. Впоследствии Филарет с сыном подняли вместе страну из разрухи.