Серый варан — очень крупная ящерица (как в Египте, так и на территории СССР — крупнейший вид этого подотряда). Для особей, обитающих в Египте, средняя общая длина тела без хвоста — 46 см, отношение длины хвоста к длине тела — 1,4. Длина тела среднеазиатского подвида от 45 до 60 см, хвоста — от 85 до 90 см, масса тела — до3,5 кг. Как правило, окраска верхней половины тела песочно-жёлтая, серая или светло-бурая, с плохо различимыми продольными тёмными полосами на шее со стороны глаз и на хвосте (у V. g. griseusколичество таких полос больше, у V. g. koniecznyi меньше). У некоторых взрослых особей встречаются кремовые пятна или более тёмные пестрины, вытянутые в направлении хвоста. Молодые особи окрашены ярче, обычно оранжевые или жёлтые, с чёткими тёмными полосами.
Голова вытянутая, максимальная ширина больше высоты, верхнебоковой край морды формирует ясно выраженное ребро. Очень длинный язык на конце глубоко раздвоен. Зубы острые, тесно посаженные. Ноздри представляют собой диагональные щели, расположенные ближе к глазам, чем к кончику носа. Уши — вытянутые щели, лишь слегка приоткрывающие барабанную полость. Радужная оболочка глаз бледно-жёлтая. Чешуи на голове очень мелкие, зерновидные, почти равного размера.
Тело вытянутое, мощное, с крепкими конечностями. Чешуи на спине небольшие, зерновидные, круглые, каждая чешуя окружена кольцами мелких зёрнышек. На шее чешуи более крупные, конусовидной или ладьевидной формы. На животе чешуи по форме приближаются к квадрату и располагаются поперечными рядами. Хвост вытянутый, цилиндрический (у V. g. caspius сплюснутый с боков), хлыстовидный, не отбрасывается Хвостовой гребень отсутствует. У хвостовых чешуй имеется более выраженная килеватость