Мутационная изменчивость вызвана мутагенными факторами, ошибками в ходе деления клеток, сдвигом триплетов, поломкой хромосом, изменением набора хромосом. Комбинативная не связана с ошибками и нарушениями в геноме (её причина — кроссинговер и конъюгация, независимое расхождения гомологичных хромосом).
Мутационная может приводить к тяжёлым заболеваниям, комбинативная — лишь к появлению альтернативных признаков.
Дарвин называл мутационную — групповой, неопределённой.