В 1983 году, после введения центральным правительством законов шариата на Юге, гражданская война Юга и Севера возобновилась. Повстанцы объединились в Народно-освободительную армию Судана во главе с бывшим полковником суданской армии Джоном Гарангом.
После очередного переворота, совершённого 30 июня 1989 года, к власти пришёл полковник Омар Хассан аль-Башир, удерживающий её и поныне. В качестве политической опоры он избрал малопопулярную в то время партию Национальный исламский фронт, провозглашавшую курс на построение истинно исламского общества, возглавлял которую известный своими фундаменталистскими взглядами Хасан Абдалла Тураби.
С начала 1990-х годов в стране интенсивно проводился курс на исламизацию жизни, каковой процесс приостановился только в начале XXI века, когда Тураби и Башир разошлись во мнениях и первый перешёл в оппозицию. Башир является президентом и главой государства, премьер-министром и главнокомандующим Вооружёнными силами страны.