В 1801 году опека отца над Паганини была прекращена. Свою концертную деятельность он возобновил ещё в декабре 1800 года в Модене. Известность его как выдающегося скрипача росла необычайно. Осенью 1801 года он приехал в Лукку. Два выступления Паганини в луккском соборе были с восторгом приняты публикой. В местном рукописном журнале «Луккская литературная смесь» Паганини, названному «генуэзским якобинцем», воздавалось должное как мастеру, однако автор сообщения с неодобрением указывал, что в соборе не место имитации птичьего пения, звука флейты, рожка, трубы, так поразившей собравшихся, что «все смеялись, восхищаясь мастерством и свободным владением инструментом»[11]. В декабре 1801 года Паганини получил должность первой скрипки Луккской республики. В этом городе он провёл несколько лет. По словам сына композитора Доменико Куиличи, Бартоломео, Паганини в Лукке занимался также преподавательской деятельностью и работал с музыкантами оркестра[12]. С луккским периодом связано, вероятно, самое серьёзное любовное увлечение Паганини. Знатная дама, имя которой музыкант скрывал всю жизнь, уединилась вместе с ним в своём тосканском поместье. Паганини прожил там три года, занимаясь сельским хозяйством. В годы затворничества он пристрастился к игре на гитаре и написал 12 сонат для этого инструмента и скрипки (Op. 2 и 3)[13]. По воспоминаниям самого Паганини, первое время самостоятельной жизни кроме страсти к женщинам, им владела любовь к карточной игре. Часто он проигрывал всё, и «только моё собственное искусство могло спасти меня», но он сумел отказаться от азартных игр и более никогда не прикасался к картам[14]. Ненадолго Паганини покинул Лукку и вернулся в Геную. Обратно в Тоскану его пригласила Элиза Бонапарт, ставшая, благодаря своему брату, княгиней Пьомбино, Лукки, Массы, Каррары и Гарньяфо. Паганини получил титул «придворного виртуоза» и одновременно был назначен капитаном личной гвардии княгини. За небольшое жалованье он исполнял обязанности личного музыканта княгини, дирижировал спектаклями, регулярно устраивал концерты и давал уроки игры на скрипке князю. По признанию самого Паганини, у него в то время был роман с Элизой[15].