Царь Алексей Михайлович умер 29 января 1679 г. Когда царь исповедовался, то другие уже готовили царские атрибуты для старшего сына. Федору было всего 15 лет.Далее церемония продолжилась на площади Кремля. На похороны отца Федора доставили на специальных носилках. Юноша был очень слаб здоровьем, тогда у него опухли ноги и он не мог передвигаться самостоятельно.
Правление Федора несколько отличалось от предыдущих и нескольких последующих. Все государственные реформы принимались Думой, для того чтобы работа шла быстрее царь нередко сам рассматривал некоторые дела. По его указу все дела Разбойного приказа должны были решаться очень быстро. А те дела, что судьи не могли решить давали ему на рассмотрение. Таким образом он боролся простив волокиты в предварительном следствии и тюремных издевательств.Он отменил указ Алексея Михайловича о том, что можно не выдавать беглых крестьян если они записались на ратную службу, были проведены масштабные сыски беглых «даточных». Дворяне были записаны в полковую службу, те кто уклонялся, лишались чинов, а затем было принято решение, что поместья останутся дворянам если они и их дети будут на службе государства. Далее Федор хотел упорядочить систему чинов, а потом вовсе отменить дворянское ополчение. Но это реформа встретила отчаянное сопротивление, и Федор не успел преодолеть его.