Главой государства был хан-чингизид. Его ближайшие советники (эмиры) были командующими войсками. Совет (Диван), в котором заседали советники-«карачи», формально ограничивал власть хана. Зачастую ханы оказывались лишь игрушками в руках враждующих партий татарской знати. Диван был законосовещательным органом. Должность «карачей» была наследственной. Высшие посты были наследственными, пожизненными и несменяемыми. Это создавало определённую негибкость государственной машины, что в конечном итоге приводило к её слабости. Аристократический строй в Казанском ханстве принял ярко выраженные консервативные формы.
Высшим законодательным и учредительным органом был курултай, созывавшийся в исключительных обстоятельствах. На нём в полном составе присутствовали представители трёх важнейших слоёв населения ханства: духовенства, войска и земледельцев. В русских источниках этот курултай получил характерное название «Вся земля Казанская».
Правящая элита состояла из представителей ордынской знати. Ниже по социальному положению стояли беки и мурзы — правители отдельных «улусов». Они были выходцами из местной или ордынской знати, а позднее также Крымского ханства и Ногайской Орды. Ещё ниже стояли огланы — командиры конных отрядов, командовавшие простыми воинами-«казаками». «Казаки», в отличие от более крупных землевладельцев — эмиров, беков и огланов, — имели лишь небольшие участки земли, которые они обрабатывали самостоятельно. Крупные, а иногда и мелкие владения освобождались от налогов. Главным видом феодального владения в ханстве был «сююргал» — участок земли, выдававшийся владельцу при условии несения службы и не передававшийся по наследству. Несмотря на это, фактически многие владения ханства были наследственными, хотя хан по смерти хозяина имел право передать владение другому лицу. Мусульманское духовенство также играло большую роль в политической жизни ханства и обладало огромным влиянием. Духовенство также располагало крупным имуществом и землями. Для сбора дани-ясака казанское правительство использовало созданную ещё монголами сотенно-десятинную организацию.
Для управлением таким государством, как Казанское ханство, правительству требовался обширный штат чиновников. Чиновническая система здесь была унаследована татарами от монгольского государства. Во всех населённых пунктах или областях имелись лица, отвечавшие за сбор налогов и податей в пользу хана. На территории ханства располагались многочисленные заставы и таможни. С помощью писцов регулярно проводилась перепись населения ханства.