Позвоночник объединяет 4 отдела: шейный, пояснично-грудной, крестцовый и хвостовой. Тела позвонков спереди вогнутые, сзади выпуклые — процельные позвонки. Верхние дуги заканчиваются хорошо выраженным остистым отростком; от переднего края верхней дуги отходит пара коротких передних сочленовных отростков, а от заднего края той же дуги — пара задних сочленовных отростков. Никаких признаков остатков хорды у взрослых особей нет. Шейный отдел представлен восьмью позвонками. Передний из них, носящий название атласа (atlas), или атланта, имеет характерную для всех амниот форму кольца. На передней стороне его нижней части находится непарная сочленовная поверхность, при помощи которой позвонок сочленяется с черепом. Отверстие атласа разделено связкой на две половины — верхнюю и нижнюю. Через верхнее отверстие проходит спинной мозг, а в нижнее входит зубовидный отросток (processus odontoideus), который прочно соединен, но не сращен со вторым позвонком, носящим название эпистрофея (epistropheus). Как доказывают эмбриологические данные, зубовидный отросток является отделившимся телом первого позвонка. Таким образом, атлас подвижен относительно собственного тела. Три последних шейных позвонка несут по паре хорошо развитых шейных ребер, которые подвижно причленяются к телам позвонков, постепенно увеличиваются по направлению кзади и оканчиваются свободно, не доходя до грудины. В целом шейный отдел пресмыкающихся отличается от такового земноводных не только большим количеством позвонков, но и более подвижным: сочленением первого позвонка как с черепом, так и со вторым позвонком. В результате голова получает гораздо большую свободу движений. Пояснично-грудной отдел у ящерицы содержит 22 позвонка. Все они снабжены подвижными ребрами, длина которых постепенно уменьшается по направлению кзади. Каждое ребро состоит из верхнего костного и нижнего хрящевого отделов. Первые пять пояснично-грудных позвонков (собственно грудные позвонки) имеют особенно длинные ребра, которые причленяются к грудине, образуя грудную клетку (thorax). Грудина (sternum) хрящевая и имеет форму ромбической пластинки. Эмбриональное развитие грудины амниот показывает, что она образуется путем срастания дистальных концов ребер и, следовательно, не гомологична «грудине» земноводных, образующейся самостоятельным путем. Таким образом, у ящерицы уже намечается крайне характерное для амниот разделение туловищного отдела позвоночника на грудной и поясничный. Крестцовый отдел состоит из двух позвонков. Они несут широкие поперечные отростки, к которым причиняется таз. Таким образом, здесь сочленение таза с позвоночником прочнее, чем у земноводных. Хвостовой отдел состоит из многочисленных позвонков (несколько десятков). Передние из них похожи на крестцовые, но тела у них длиннее, поперечные отростки тоньше, а остистые—длиннее. По направлению кзади хвостовые позвонки постепенно уменьшаются в размерах, утрачивают отростки и превращаются в небольшие палочковидные косточки.
