Во-первых, мы сравниваем все организмы, которые эволюционировали от своих предков. Изучаем их строение и смотрим, что есть , а чего нету.
Во-вторых, особо применяется для сравнения развития человекоподобных обезьян и современного человека. Там изучают атавизмы и рудименты.