Степень изрезанности рельфа разная, от плоских степей до горных хребтов.
Трасса дороги пересекает 11 крупных рек, семь горных хребтов. На трассе дороги пробито восемь тоннелей, среди них самый большой в России — Северомуйский тоннель.
Построено 2230 больших и малых мостов. Магистраль проходит более чем через 200 железнодорожных станций и разъездов, более 60 городов и поселков.
Самое страшное - снежные заносы, они возможны на многих участках дороги. Это - затрудняет движение, возникает необходимость очистки пути, в этот переиод перевозки задерживаются. Морозы от 25 градусов влияют на работу двигателей тепловозов.
Весной-летом происходит затопление дороги паводковыми водами, что тоже парализует работу дороги на длительный срок.