В 1983 году были образованы первые на территории России: Сочинский и Лосиный Остров. К концу 1990 года было организовано 11 парков в наиболее живописных и известных туристических районах страны.
Бурное расширение сети национальных парков России пришлось на 1991—1994 году.К концу 1994 года их количество достигло 27 штук. В этот же период была заново сформирована нормативная база: принято положение о национальных природных парках Российской Федерации, заменившее положение 1981 года. В 1995 году был принят Федеральный закон «Об особо охраняемых природных территориях», действующий по настоящее время.
В последующие годы темпы роста числа национальных парков снизились. Последними были учреждены «Кисловодский» (2016),«Чикой» (2014). Общее количество действующих национальных парков достигло 49. Национальные парки находятся в управлении подведомственных Федерального агентство лесного хозяйства .