Территория Ишимбайского района входит в горно-песчаную климатическую зону. 67% территории относится к горно-таежной зоне и покрыто лесом, который довольно богато заселен животными. Климат района резко континентальный с холодной продолжительной зимой и жарким летом. Среднее многолетнее количество осадков колеблется в пределах от 450 до600 мм.