На время оставив работу над циклом «Помпадуры и помпадурши», Салтыков-Щедрин загорелся идеей создания «Истории одного города», тематически родственной «Помпадурам и помпадуршам».
В январе 1869 года сатирик выступает с первыми главами «Опись градоначальникам» и «Органчик» в журнале «Отечественные записки» (№ 1), но до конца года приостанавливает работу, чтобы осуществить идею создания сказок («Повесть о том, как один мужик двух генералов прокормил», «Пропала совесть», «Дикий помещик»). Кроме этого, наметилось произведение «Господа ташкентцы», нужно было довести до логического конца «Признаки времени» и «Письма о провинции». Не оставляет Салтыков-Щедрин работу в журнале: появляется серия публицистических и литературно-критических статей и рецензий.
Вернувшись к работе над повестью, уже в № 1-4, 9 («Отечественные записки») 1870 года он публикует продолжение «Истории одного города». В 1870 году книга вышла отдельным изданием под названием «История одного города». По подлинным документам её издал М. Е. Салтыков-Щедрин.
«История одного города» вызвала массу толкований и негодований, что заставило Салтыкова-Щедрина ответить на статью известного публициста А. Суворина. Автор критической статьи «Историческая сатира», появившейся в апрельском номере журнала «Вестник Европы» за 1871 год, обвинил писателя в глумлении над русским народом и искажении фактов русской истории, не проникая в глубину замысла и суть художественного своеобразия произведения. И. С. Тургенев называл книгу замечательной и считал, что в ней отражена «сатирическая история русского общества во второй половине прошлого и начале нынешнего столетия».
М. Е. Салтыков-Щедрин знал, что «писатель, которого сердце не переболело всеми болями того общества, в котором он действует, едва ли может претендовать в литературе на значение выше посредственного и очень скоропреходящего». Тем не менее прежний интерес читающей публики к творчеству Салтыкова-Щедрина после публикации повести несколько угас.