Различия:
Моховидные: не имею корней (имеют ризоиды (маленькие "волосики")), проводящие ткани развиты слабо, в жизненном цикле преобладает гаметофит. Участвуют в образовании торфа.
Папоротниковидные: имеют корень, проводящие ткани развиты хорошо, преобладает спорофит. Образовали залежи каменного угля.
У папоротников появились корни, что помогло им больше получать питательных веществ, и так как проводящие ткани хорошо развиты они "эволюционировали".