У можжевельника преобладает физиологическое усыхание. Когда интенсивность солнечного освещения увеличивается, крона можжевельников, значительно нагревается, и в ней начинается активная фотосинтетическая деятельность, для которой необходима влага. Так как в этот период корни не могут снабдить растение водой, расходуется внутриклеточная жидкость тканей. В результате такой физиологической сухости хвоя начинает отмирать.
Также значительный вред можжевельникам причиняют болезни, вызываемые разными группами патогенов.