У Членистоногих более развита пищеварительная система: имеется ротовой аппарат, образованный видоизмененными членистыми конечностями, передний отдел кишечника дифференцирован: глотка, пищевод, желудок. Имеется печень (кроме насекомых). У кольчатых червей печени нет. Имеется более развитая выделительная система: у кольчатых червей она представлена метанефридиями, а у членистоногих более сложно устроенными мальпигиевыми сосудами - у паукообразных и насекомых и зелеными железами - у раков. У членистоногих имеется трубчатое сердце, а у кольчатых червей его функцию выполняют пульсирующие участки сосудов. у членистоногих сильно развит парный надглоточный ганглий - "мозг", с чем связано сложное поведение и инстинкты. Все членистоногие раздельнополые животные, среди же кольчатых червей есть гермафродиты.