По происхождению своих котловин озёра делятся на:
Тектонические: образуются путём заполнения трещин в земной коре. Ярким примером тектонического озера является озеро Байкал.
Ледниковые: образуются тающим ледником. Типичным ледниковым озером, оставшимся от последнего ледникового периода является Арберзее, расположенное у подножья горы Большой Арбер (1456 м) — самой высокой горы Богемского леса.
Речные (или старицы) . Старичными озерами богаты долины рек Жиздра (Калужская область) , Кубань (Северный Кавказ) .
Приморские (лагуны и лиманы) . Наиболее известной лагуной является Венецианская, расположенная в северной части Адриатического моря.
Провальные (карстовые, термокарстовые) . Особенностью некоторых провальных озёр является их периодическое исчезновение и появление, зависящие от своеобразной динамики подземных вод. Типичный представитель — озеро Эрцо в Южной Осетии.
Вулканические: расположены в кратерах потухших вулканов. В Европе подобные озёра находятся в области Айфель (Германия) . Возле них наблюдаются слабые проявления вулканической деятельности в виде горячих источников.
Завально-запрудные: образуются при обрушении части горы (например, озеро Рица в Абхазии) .
Кратерные.
Искусственные (водохранилища, пруды) . Создание таких озёр может быть самоцелью, например, для создания водохранилищ различного назначения. Нередко это создание связано с проведением более или менее значительных земляных работ. Но в ряде случаев такие озёра возникают как побочное следствие таких работ, например в выработанных карьерах.