Путей загрязнения Амазонки множество. Так люди вырубают тропические леса Южной Америки, и на этих участках экосистемы не восстанавливаются, грунт истощается и смывается в реку. Это приводит к заиливанию акватории и ее обмелению. Установка дамб и развитие промышленности на берегах Амазонки приводит не только к исчезновению флоры и фауны, но способствует стоку промышленных вод в акваторию. Все это влияет на изменение химического состава воды.