1. Предшествовавший Закон РСФСР «О свободе вероисповеданий» был несовершенен, многие аспекты создания и деятельности религиозных объединений в нем остались неурегулированными. В значительной мере это было обусловлено тем, что в 1990 г. страна только начинала освобождаться от атеизма в вероисповедной политике и никто, в том числе законодатели, не могли точно спрогнозировать, как в новых исторических условиях будет реализовываться свобода совести. Кроме того, Закон «О свободе вероисповеданий» был принят в 1990 г. для республики в составе СССР. В связи с этим в нем не регулировались вопросы, входившие в компетенцию Союза: отношение к военной службе, регулирование деятельности иностранных религиозных организаций и миссий.
Уже к 1993 г. появились проекты поправок к Закону «О свободе вероисповеданий». Среди его недостатков, вызывавших наиболее многочисленные претензии, в основном со стороны представителей органов власти и традиционных для России конфессий, были: отсутствие четко сформулированных признаков для установления религиозного характера объединения; необеспеченность контроля за соблюдением законодательства (особенно после того, как в 1993 г. прекратили существовать Советы народных депутатов). Закон не регламентировал деятельность иностранных религиозных организаций — при том, что развернувшийся в 90-х гг. процесс экспансии иностранных миссионеров и новых религиозных движений вызвал большую озабоченность в обществе. Оставалась неясной разница между централизованными и местными религиозными организациями, так как сами эти понятия закон 1990 г. не определил достаточно явно.