Родилась в семье рабочего-революционера С. Я. Аллилуева. Крестница советского партийного деятеля А. С. Енукидзе. Брат — П. С. Аллилуев. По утверждению дочери, Светланы Аллилуевой, отец Надежды Аллилуевой был наполовину цыганом, а мать — немкой.
Когда в 1917 году И. В. Сталин вернулся в Петроград из сибирской ссылки, между ним и шестнадцатилетней Надей начался роман. Ирина Гогуа, жившая тогда в Петрограде и тесно общавшаяся с семьёй Аллилуевых, вспоминала, как «однажды прибежал Сергей Яковлевич (отец Надежды) страшно взволнованный, сказал, что он (Сталин) увёз Надю… (На фронт) В 1918 году они поженились. Официально их брак был зарегистрирован 24 марта 1919 г. Их дети Василий (1921—1962) и Светлана (1926—2011). По утверждению её биографа Ольги Трифоновой, фамилию супруга Надежда взять не пожелала и до конца жизни оставалась Аллилуевой.