Кишечник сквозной.
Над кишечником – хорда.
Над хордой, на спинной стороне тела расположена нервная система в виде нервной трубки.
Стенки глотки имеют жаберные щели.
Кровеносная система замкнутая. Сердце (у ланцетника - замещающий его крупный кровеносный сосуд - брюшная аорта) на брюшной стороне тела, под пищеварительным каналом.