Река берёт начало на Восточно-Африканском плоскогорье и впадает в Средиземное море.
В верхнем течении принимает крупные притоки — Эль-Газаль (левый) и Ачва, Собат, Голубой Нил и Атбара(правые). Ниже устья правого притока Атбары Нил течёт по полупустыне, не имея притоков на протяжении последних 3000 км³.
Водная система Нила считается самой длинной на Земле. длина системы Нила — 6852 километра.