Важную роль в утверждении абсолютизма играла церковная реформа. В 1700г. умер патриарх Адриан, и Петр I запретил избирать ему преемника. Управление церковью поручалось одному из митрополитов, выполнявшему функции "местоблюстителя патриаршего престола". В 1721 г. патриаршество было ликвидировано, для управления церковью был создан "Святейший правительствующий Синод", или Духовная коллегия, также подчинявшаяся Сенату.
Церковная реформа означала ликвидацию самостоятельной политической роли церкви. Она превращалась в составную часть чиновничье-бюрократического аппарата абсолютистского государства. Параллельно с этим государство усилило контроль за доходами церкви и систематически изымалась значительная их часть на нужды казны. Эти действия Петра I вызывали недовольство церковной иерархии и черного духовенства и явились одной из главных причин их участия во всякого рода реакционных заговорах.
Петр осуществил церковную реформу, выразившуюся в создании коллегиального (синодального) управления русской церковью. Уничтожение патриаршества отражало стремление Петра ликвидировать немыслимую при самодержавии петровского времени "княжескую" систему церковной власти. Объявив себя фактически главой церкви, Петр уничтожил ее автономию. Более того, он широко использовал институты церкви для проведения полицейской политики. Подданные, под страхом крупных штрафов, были обязаны посещать церковь и каяться на исповеди священнику в своих грехах. Священник, также согласно закону, был обязан доносить властям обо всем противозаконном, ставшим известным на исповеди. Превращение церкви в бюрократическую контору, стоящую на охране интересов самодержавия, обслуживающую его запросы, означало уничтожение для народа духовной альтернативы режиму и идеям, идущим от государства. Церковь стала послушным орудием власти и тем самым во многом потеряла уважение народа, впоследствии так равнодушно смотревшего и на ее гибель под обломками самодержавия, и на разрушение ее храмов