Несомненно, что главным негативным последствием монгольского нашествия на территорию Казахстана и Средней Азии был полный экономический упадок. Можно констатировать тот факт, что экономика Казахстана и Средней Азии впоследствии не смогла достигнуть того уровня, на каком она находилась в конце ХП - начале ХШ вв.
Еще одним из экономических последствий, характерных для монгольского завоевания, явилось массовое уничтожение мирного населения и возрождение на всей подвластной им территории рабовладельческого уклада, что сопровождалось превращением в рабов сотен тысяч людей. Монголы оккупированными землями правили через своих наместников, занимаясь лишь сбором налогов и грабежом местного населения. Крестьяне и ремесленники, кроме выплаты ежегодного налога с обработанной земли - хараджа, должны были еще нести множество повинностей: снабжение одеждой и продовольствием расквартированных по городам и селениям военных отрядов. Невыполнение установленных заданий в срок жестоко каралось монгольскими захватчиками. К гнету монгол прибавились злоупотребления местных правителей, которые самовольно увеличивали в несколько раз установленные налоги и подати, делали положение народа совершенно невыносимым.
К этому следует добавить, что такой крупный регион, как Казахстан и Средняя Азия, не смог оправиться от тяжелых последствий монгольского нашествия еще и потому, что здесь не было единой политической власти. Территория Мавераннахра неоднократно являлась свидетелем междоусобных войн потомков Джучи и Угедея. Обе группировки, которых усиленно поддерживали местные феодалы, продолжали борьбу за ханский престол вплоть до второй половины ХIV века, т.е. до захвата власти Тимуром. Все эти войны сопровождались уничтожением мирного населения, их грабежом, разорением городов и сел.
Одним из главных последствий монгольского нашествия в Казахстане и Средней Азии была большая масса кочевников, пришедшая вместе с монгольскими феодалами. Это вызывало сокращение площади земледелия и усиление кочевого скотоводства. Бывали случаи, когда в интересах кочевой знати под пастбища отводились окультуренные земли, ранее использовавшиеся под поля, огороды и сады. Именно поэтому в некоторых районах Восточного Туркестана (например, в Лобе и Карашааре), а также в Илийской долине земледельческая культура совсем исчезла. В китайских источниках, относящимся к XV в. говорилось, что в Илийской долине уже не было "ни городов, ни дворцов и все жители вели исключительно кочевой образ жизни". К началу ХIV в. земледелие в Семиречье полностью уступило место кочевому скотоводству.