Эвглена зелёная — типичный растительный жгутиконосец, имеет зелёное веретеновидное, длинное тело, задний конец которого обычно заострён, на переднем тупом конце расположен жгутик. У переднего конца имеется красный глазок (светочувствительный органоид, стигма. Длина тела 50—60 микрометров, ширина 14—18 микрометров. Форма тела подвижна: эвглена может сжиматься, становясь короче и шире. Размножается зелёная эвглена путём продольного деления клетки
При наступлении плохих для неё условий среды (зима, пересыхание водоёма) зелёная эвглена образует цисту, при этом утрачивает жгутик и становится шарообразно