Иногда у женщин носительство мутантного гена на одной из Х-хромосом не компенсируется присутствием нормально функционирующей копии гена на второй Х-хромосоме. Это случается, например, при различных цитогенетических нарушениях - синдроме Шерешевского-Тернера (генотип ХО, т.е. отсутствие одной Х-хромосомы), транслокации критического участка Х-хромосомы, а также при высокой частоте инактивации нормальной Х-хромосомы (феномен аномальной лайонизации). Такие женщины являются манифестными носительцами гена; у них может наблюдаться развернутая клиническая картина или отдельные симптомы соответствующего Х-сцепленного заболевания, что приводит к серьезным затруднениям в клинической диагностике.