Права Генриха IV на трон были подтверждены Генрихом III, который, будучи смертельно ранен, приказал своим сторонникам присягать наваррскому монарху, однако стать королём Франции он смог только после длительной борьбы. Для того чтобы нейтрализовать своих соперников, 25 июля 1593 года Генрих Наваррский принял католицизм и уже 22 марта 1594 года вступил в Париж (по этому поводу Генриху IV приписывается высказывание «Париж стоит мессы»)[1]. В 1595 году папа римский даровал Генриху отпущение, сняв с него отлучение от церкви и провозглашение еретиком. Для прекращения межконфессиональной вражды Генрих IV 13 апреля 1598 года подписал Нантский эдикт, даровавший свободу вероисповедания протестантам, вскоре после этого Гугенотские войны закончились.
Во внешней политике Генрих, вдохновляемый министром Сюлли, преследовал далеко идущие планы панъевропейского союза христианских государей.
Был убит в Париже 14 мая 1610 года католическим фанатиком Франсуа Равальяком. Был похоронен 1 июля 1610 года в королевском аббатстве Сен-Дени. Регентшей до совершеннолетия наследника (8-летнего Людовика XIII) была объявлена вдова, Мария Медичи, которая правила до 1617 года.